严格来说，“生理”主要指身体功能，“结构”主要指身体形态与器官组织。人与动物并不是两个完全独立的类别，因为人本身也是动物。更准确的比较方式，是将人类与不同动物类群放在相同维度下观察：人类在骨骼和运动方式、神经系统、消化与呼吸、感官、繁殖发育等方面具有自身特点，但这些差异并非都适用于所有动物。选择比较重点时，应先看研究的是运动、代谢、行为，还是繁殖，而不能笼统地把“动物”当成单一对象。
先明确：人与动物的共同基础更多，差异体现在适应方向
人类与多数脊椎动物都具有相似的基本身体组织和器官系统，例如骨骼、肌肉、神经、循环、呼吸、消化和生殖系统。人类的心脏、肺、肝脏、肾脏和大脑，也是在脊椎动物共同身体结构基础上发展形成的。
真正明显的区别，通常来自长期适应不同生活方式后的结构变化。例如，人类主要依靠直立行走和双足运动；鸟类适应飞行；鱼类适应水中呼吸；反刍动物适应高纤维植物性食物。因而，“人与动物有什么区别”不能只寻找一个决定性器官，而应比较同一功能由什么结构完成，以及这种结构适应了什么环境。
骨骼与运动：人类最容易观察到的结构差异
人类最突出的身体结构特点，是长期直立行走形成的运动系统组合。与多数四足陆生哺乳动物相比，人类的脊柱具有适合直立承重的弯曲形态，骨盆相对短而宽，下肢承担主要支撑作用，膝关节和足部也适应连续双足行走。足弓能够帮助分散承重并缓冲行走时的冲击。
多数四足动物的脊柱、骨盆和四肢则共同服务于水平躯干和四肢运动。不过动物种类差异很大：袋鼠可以双足跳跃，鸟类前肢演化为翅膀，海豹的肢体适合游泳，因此不能把“动物骨骼”概括为一种固定模式。
人类上肢不再主要承担行走和支撑，手部因而具有较强的抓握和精细操作能力。拇指的对掌能力、手指的灵活控制以及肩关节的活动范围，使人类能够进行书写、制造工具等复杂操作。部分灵长类动物同样具有灵活的手部结构，所以这属于程度和组合方式上的差异，并不是人类独有的全部特征。
神经系统：差异不只在大脑大小
人与动物都拥有神经系统，用于接收刺激、处理信息和控制运动。人类大脑最值得比较的地方，不是简单的“更大”，而是大脑皮层的复杂组织、语言相关能力、抽象推理、长期计划和社会学习能力形成了较强的组合。
许多动物也具有发达的神经系统，并表现出记忆、交流、工具使用或群体协作等能力，只是所依赖的感官系统、神经回路和行为目标不同。例如，鸟类的空间记忆可能与飞行和迁徙密切相关，某些哺乳动物则依靠嗅觉或听觉获得主要环境信息。因此，比较神经结构时，应关注“结构—感官—行为”的联系，而不是只用智力高低评价差异。
呼吸与循环：同类动物接近，不同类群差别明显
人类属于哺乳动物，主要通过肺部的肺泡完成气体交换，氧气进入血液后由循环系统输送到全身。人类心脏分为四个腔室，能够将含氧血液和缺氧血液分开输送，这套结构与多数哺乳动物和鸟类较为接近。
不同动物的呼吸结构则可能完全不同。鱼类主要利用鳃从水中获取氧气；昆虫依靠气管系统把气体送向组织；鸟类具有与飞行代谢相适应的气囊和高效气流方式；两栖动物还可通过皮肤参与气体交换。由此可见，若问题集中在“人与动物如何呼吸”，最合适的比较对象应先限定为哺乳动物、鸟类、鱼类或昆虫，否则结论容易失真。
体温调节也体现了这种差异。人类能够依靠代谢产热、出汗和血流调节等方式维持相对稳定的体温；许多哺乳动物和鸟类也属于主要依靠自身产热维持体温的动物，而多数爬行动物、两栖动物和鱼类的体温更容易受到外界环境影响。这里比较的是调节机制，不宜简单理解为某一类动物“有体温”或“没有体温”。
消化系统：食物类型决定结构组合
人类的牙齿和消化系统适合处理较为多样的食物，既能消化植物性食物，也能消化动物性食物，但对某些高纤维植物组织的分解能力有限。人类没有反刍动物那样高度特化的多胃结构，也没有草食动物常见的、适合大量发酵纤维的消化区段。
肉食动物通常具有适合撕咬和处理高蛋白食物的牙齿与消化特点；草食动物往往通过较长的消化道、发达的盲肠或专门发酵室利用植物纤维；鸟类则可能具有嗉囊、腺胃和肌胃等结构。比较消化系统时，应把牙齿、胃肠道、共生微生物和食物来源放在一起看，单独比较胃的数量或肠道长短并不能说明全部问题。
感官与繁殖：差异取决于生存任务
人类主要依靠视觉、听觉和触觉获取环境信息，视觉能够进行较精细的颜色和空间判断，但不同动物的感官优势并不相同。猫科动物的夜间视觉、犬类的嗅觉、蝙蝠的回声定位、鱼类对水流和压力变化的感受，都是与其生活环境相适应的结构和功能。比较感官时，应先确定观察的是哪一种刺激，不能用人类的感知范围作为所有动物的标准。
在人类与其他哺乳动物之间，繁殖结构具有一定相似性，例如体内受精、胚胎在母体内发育以及通过乳汁哺育幼体。但动物的繁殖方式十分多样，鸟类和多数爬行动物通常通过产卵繁殖，部分鱼类进行体外受精，昆虫则具有完全不同的生殖和发育过程。即使在哺乳动物内部，妊娠时间、幼体成熟速度、育幼方式和群体照料也存在明显差异。
根据比较目的选择重点
- 想解释人为什么能直立行走：优先比较脊柱、骨盆、下肢、足部和肌肉受力结构。
- 想解释人与动物的行为差异：重点观察大脑皮层、感官系统、神经传导和学习方式，同时避免把动物行为简单归为本能。
- 想比较能量获取和运动耐力：应同时分析呼吸、循环、肌肉、体温调节和食物消化，而不是只看肺或心脏。
- 想区分不同动物的生活环境适应：可选择鱼类、鸟类、哺乳动物或昆虫作为明确对象，再比较鳃、肺、气管、翅膀或四肢等结构。
- 想了解繁殖和成长：应从受精方式、胚胎发育、幼体照料和性成熟过程进行比较。
结论：用“功能对应结构”理解人与动物的区别
人与动物的生理结构区别，核心不在于人类完全拥有其他动物没有的器官，而在于相似的身体系统经过不同适应后，形成了不同的结构组合和功能表现。人类最突出的特点集中在直立运动、精细操作、复杂语言和高级认知等方面；其他动物则可能在飞行、游泳、嗅觉、夜视、纤维消化或环境感知方面更具专门化能力。若需要进行准确比较，应先限定动物类别，再根据问题选择骨骼、神经、呼吸、消化、感官或繁殖维度。