《厕所少年》讲述了少女八寻宁宁与校园七大不可思议之一的花子君相遇后，卷入学校怪谈世界的故事。宁宁原本只是想借助传说实现心愿，却意外成为花子君的助手。从厕所里的许愿传闻出发，两人逐渐接触校园各处的灵异事件，也在一次次解决怪谈的过程中揭开花子君的过去，以及人类与怪异之间复杂的界限。
剧情从厕所里的许愿传说开始
海鸥学园流传着许多怪谈，其中最有名的一个，是旧校舍女生厕所里的“花子君”：只要敲门并呼唤她，就能得到回应。渴望恋爱的宁宁循着传闻来到厕所，见到的却不是想象中的女孩，而是一位自称花子君的少年幽灵。
宁宁的愿望与人鱼传说产生牵连，她也因此被带进怪异的世界。花子君帮她摆脱眼前的麻烦，两人由此建立起助手与委托人的关系。宁宁以普通学生的身份接触校内生活，花子君则凭借对怪谈规则的了解处理异常。起初，宁宁以为自己面对的是一个爱开玩笑、做事神秘的幽灵；随着事件推进，她渐渐发现花子君并非无所不能。他守护着学校秩序，也藏着不愿轻易提起的往事。
从单次怪谈走向七大不可思议
故事前段以校园灵异事件为主：传闻如何出现、怪异怎样影响学生，以及被卷入其中的人能否回到日常生活。花子君和宁宁处理事件时，并不只是驱散幽灵，常常还要弄清传闻背后的执念。表面吓人的怪谈，有时源自孤独、遗憾或无法说出口的愿望；人类的好奇心，也可能让原本被限制在特定领域里的怪异越过边界。
随着七大不可思议逐步登场，剧情从一桩桩独立委托扩展到整个学园的秘密。七项怪谈各有领域与规则，分别把楼梯、镜子、画室、书库和厕所等熟悉场景变成危险的异界入口：
- 第一则：三人时钟守。三位守时者与校内钟表相连，时间的变化会牵动学生的日常，也让过去、现在与未来之间的界限变得不安稳。
- 第二则：三崎阶梯。楼梯传闻把误入者引向怪异领域；宁宁与同伴必须辨认阶梯背后的规则，才能找出离开的路。
- 第三则：镜之地狱。镜面不再只是映照外表的物件，进入镜中领域的人会面对诡异景象与自身恐惧。
- 第四则：画室的四岛同学。画室与画中世界彼此交错，现实和创作出来的景象难以分辨，也让人物开始思考谁能决定故事的走向。
- 第五则：下午四点的书库。书库里的书籍牵连着学生的经历与命运；翻看、寻找书本的行为，可能让人看到不该轻易触碰的秘密。
- 第六则：死神。这项怪谈把生者与亡者的边界带到台前，相关人物必须面对失去、执念以及能否放手的问题。
- 第七则：花子君。厕所里的少年幽灵既是宁宁最初遇见的怪异，也是维系学园怪谈秩序的重要人物；他的身份与过去逐渐成为主线悬念。
花子君需要维持这些力量之间的平衡，宁宁则不断从旁观者变成参与者。原本轻松又带点惊悚的校园冒险，逐渐显露出更沉重的色彩：传闻可以被改变，怪异也会受到人心影响，而打破规则未必能带来真正的解脱。
花子君、宁宁与光的关系
花子君是故事的核心人物。他性格顽皮，时常用玩笑掩饰认真，既熟悉怪异的规则，也担负着维持校内平衡的职责。他对宁宁表现出照顾与信任，却不愿直接交代自己的过去。随着更多线索出现，观众会看到他轻松外表下的孤独，以及他与弟弟茜之间并不简单的关系。
八寻宁宁是连接人类日常与怪谈世界的人物。她有普通少女的虚荣、冲动和浪漫幻想，也有遇到危险时不愿丢下同伴的一面。她与花子君的相处并非单纯的“幽灵保护少女”：宁宁会质疑花子君的决定，也会在他隐瞒真相时坚持追问。她的善意让一些怪异显露出脆弱的一面，但她自己同样被卷入传闻规则，因而必须面对选择带来的后果。
源光来自以驱除怪异为职责的源氏家族，最初以除灵者的立场接近花子君。光相信怪异应当受到约束，却并非冷酷地把所有灵异存在都视作敌人。与花子君、宁宁同行之后，他开始在家族责任和个人判断之间寻找答案。他的行动为剧情加入了驱魔与立场冲突，也让“人类和怪异能否并存”成为更具体的问题。
人物关系中的矛盾与悬念
花子君与宁宁的关系建立在互相帮助之上，却始终隔着秘密和身份差异。宁宁想知道花子君为何成为幽灵、为何承担管理怪谈的责任；花子君则希望她远离危险，很多时候选择隐瞒。两人的亲近因此带着温柔，也带着不安。光一面与花子君合作，一面保留驱除怪异的职责，三人之间既有伙伴式的默契，也有立场分歧。
茜、葵以及其他七大不可思议相关人物，则从不同角度推动秘密浮出水面。有人执着于改变过去，有人守着不能被外人触碰的领域，也有人在传闻与真实身份之间摇摆。人物关系不是简单的善恶对阵：相同事件在人类与怪异眼中可能有不同解释，帮助一个人也可能伤害另一个人。正是这些冲突，让每段怪谈都与主线相连。
作品看点：可爱画风下的怪谈与成长
《厕所少年》的醒目之处，是把校园怪谈、青春日常和人物秘密放在同一条叙事线上。厕所、楼梯、教室等熟悉场景被传闻赋予异样规则；角色的造型与互动又常带着轻快幽默，使紧张气氛不会一直压迫。剧情表面围绕怪异事件展开，内里则反复触及愿望、记忆、孤独与告别。
因此，这部作品既可以作为校园灵异故事观看，也可以关注花子君、宁宁和光如何改变彼此。宁宁从追求浪漫的普通学生，逐渐成长为愿意直面怪谈后果的人；光学会在职责之外倾听怪异；花子君则在守护规则的同时，被迫重新面对自身过去。剧情的吸引力不只在“传闻背后是什么”，也在于每一次解开谜团后，人物是否能接受真相，以及他们会如何继续相处。
